องค์การสวนพฤกษศาสตร์ ได้สนับสนุนการดำเนินการทางวิชาการทางด้านพฤกษศาสตร์ และการพัฒนาองค์กรมาอย่างต่อเนื่อง โดยจัดทำ เป็นโครงการต่างๆ
ทั้งที่เป็นโครงการในส่วนที่เป็นความรับผิดชอบโดยตรง หรือเป็นโครงการความร่วมมือระหว่างหน่วยงานทั้งภาครัฐ และ เอกชน ซึ่งมีจุดประสงค์ร่วมกันที่จะอนุรักษ์
ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เกิดความยั่งยืนสืบไป โดยโครงการต่างๆ มีดังนี้.
โครงการวิจัยประจำปี 2559 การศึกษาวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านพืชและความหลากหลายทางชีวภาพ
กิจกรรมหลัก 1 : สำรวจรวบรวมข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ
1.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคเหนือ
2.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคตะวันออก
3.โครงการศึกษาทบทวนอนุกรมวิธานพืชบางวงศ์ในประเทศไทย
4.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการตัวอย่างพรรณไม้
5.โครงการศึกษาพฤกษศาสตร์พื้นบ้านของกลุ่มชาติพันธุ์
6.โครงการความหลากหลายของแมลงในพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย
7.โครงการจัดทำฐานข้อมูล
8.โครงการศึกษาความหลากหลายของหิ่งห้อยในประเทศไทย
9.โครงการแปลงศึกษาถาวรและโครงสร้างสังคมพืชในสวนพฤกษศาสตร์ฯ
10.โครงการศึกษาชนิดพันธุ์มดต่างถิ่นที่รุกรานไปสู่ป่าอนุรักษ์
กิจกรรมหลัก 2 : ศึกษาวิจัยเพื่อการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ
1.โครงการอนุรักษ์พรรณกล้วยไม้แบบบูรณาการ
2.โครงการอนุรักษ์และฟื้นฟูประชากรในระบบนิเวศของพรรณไม้ที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์
กิจกรรมหลัก 3 : ศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนา
1.โครงการปรับปรุงสายพันธุ์พืชเพื่อพัฒนาศักยภาพทางด้านเศษฐกิจ
2.โครงการศึกษาวิจัยองค์ประกอบทางเคมีฤทธิ์ทางชีวภาพ
3.โครงการพัฒนาเครื่องดื่มจากพืชในท้องถิ่น
กิจกรรมหลัก 4 : บริหารจัดการงานวิจัย
1.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการดำเนินงานสร้างและรวบรวมองค์ความรู้
โครงการวิจัยประจำปี 2558 การศึกษาวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านพืชและความหลากหลายทางชีวภาพ
กิจกรรมหลัก 1 : สำรวจรวบรวมข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ
1.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคเหนือ
2.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคตะวันออก
3.โครงการศึกษาทบทวนอนุกรมวิธานพืชบางวงศ์ในประเทศไทย
4.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการตัวอย่างพรรณไม้
5.โครงการศึกษาพฤกษศาสตร์พื้นบ้านของกลุ่มชาติพันธุ์ภาคเหนือตอนบน
6.โครงการความหลากหลายของแมลงในพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย
7.โครงการจัดทำฐานข้อมูล
8.โครงการศึกษาความหลากหลายของหิ่งห้อยในประเทศไทย
9.โครงการแปลงศึกษาถาวรและโครงสร้างสังคมพืชในสวนพฤกษศาสตร์ฯ
กิจกรรมหลัก 2 : ศึกษาวิจัยเพื่อการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ
1.โครงการอนุรักษ์พรรณกล้วยไม้แบบบูรณาการ
2.โครงการอนุรักษ์และฟื้นฟูประชากรในระบบนิเวศของพรรณไม้ที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์
กิจกรรมหลัก 3 : ศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนา
1.โครงการปรับปรุงสายพันธุ์พืชเพื่อพัฒนาศักยภาพทางด้านเศษฐกิจ
2.โครงการศึกษาวิจัยองค์ประกอบทางเคมีฤทธิ์ทางชีวภาพ
กิจกรรมหลัก 4 : บริหารจัดการงานวิจัย
1.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการดำเนินงานสร้างและรวบรวมองค์ความรู้
โครงการวิจัยประจำปี 2557 การศึกษาวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านพืชและความหลากหลายทางชีวภาพ
กิจกรรมหลัก 1 : สำรวจรวบรวมข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ
1.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคเหนือ
2.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคตะวันออก
3.โครงการสำรวจความหลากหลายของพืชในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
4.โครงการศึกษาทบทวนอนุกรมวิธานพืชบางวงศ์ในประเทศไทย
5.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการตัวอย่างพรรณไม้
6.โครงการศึกษาเปรียบเทียบพฤกษศาสตร์พื้นบ้านของกลุ่มชาติพันธุ์
7.โครงการความหลากหลายของแมลงในพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย เพื่อจัดทำพิพิธภัณฑ์แมลง สวนพฤกษศาสตร์สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์
8.โครงการจัดทำฐานข้อมูล
9.โครงการศึกษาความหลากหลายของหิ่งห้อยในประเทศไทย
10.โครงการแปลงศึกษาถาวรและโครงสร้างสังคมพืชในสวนพฤกษศาสตร์ฯ
กิจกรรมหลัก 2 : ศึกษาวิจัยเพื่อการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ
1.โครงการอนุรักษ์พรรณกล้วยไม้แบบบูรณาการ
2.โครงการอนุรักษ์และฟื้นฟูประชากรในระบบนิเวศของพรรณไม้ที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์
3.โครงการรวบรวมพันธุ์ไม้พื้นเมืองที่มีการกระจายพันธุ์ในเขตพื้นที่สูงของประเทศไทย เพื่อทำการอนุรักษ์ในสภาพท้องถิ่นที่อยู่อาศัย
กิจกรรมหลัก 3 : ศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนา
1.โครงการปรับปรุงสายพันธุ์พืชเพื่อพัฒนาศักยภาพทางด้านเศษฐกิจ
2.โครงการศึกษาวิจัยองค์ประกอบทางเคมีฤทธิ์ทางชีวภาพ
กิจกรรมหลัก 4 : บริหารจัดการงานวิจัย
1.โครงการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการและการดำเนินงาน