พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติ (Natural Science Museum)
     เป็นอาคารจัดแสดงนิทรรศการถาวรและนิทรรศการหมุนเวียนให้ความรู้ทางด้านพืช ธรรมชาติวิทยา ความหลากหลายของสิ่งมีชีวิต  และสิ่งแวดล้อม ภายในพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติ ได้เก็บรวบรวมสะสมวัตถุที่มีค่าและนำมาจัดแสดงให้อยู่   ในสภาพที่ใกล้เคียงกับธรรมชาติมากที่สุด เพื่อการศึกษาทางธรรมชาติวิทยาในเรื่องราวที่เกี่ยวกับ โลก ธรณีวิทยา สิ่งมีชีวิตโดยเฉพาะพืชและสิ่งแวดล้อม ให้แก่เยาวชนและบุคคลทั่วไป ที่จะได้ชมและเรียนรู้ด้วยตนเองในลักษณะของการศึกษานอกห้องเรียน ปัจจุบัน มีการจัดแสดงนิทรรศการ แบ่งออกเป็นห้องจัดแสดงที่ 1 ประกอบด้วย โซนความหลากหลายทางชีวภาพ แสดงความหมายของความหลากหลาย ทางชีวภาพจากสายวิวัฒนาการคล้ายการแตกกิ่งก้านของต้นไม้ กำเนิดโลกและหินแร่ พร้อมคำถามมากมายที่หาคำตอบได้ในภายหลัง โซนก้าวแรกของนักพฤกษศาสตร์ในประเทศไทย ชมหุ่นจำลองนักพฤกษศาสตร์พร้อมประวัติการศึกษาทางพฤกษศาสตร์ของไทยตั้งแต่สมัยอยุธยา โซนผจญภัย 10 ป่าไทย ผ่านอุโมงค์ปัจจัยความหลากหลายจนก่อให้เกิดเป็นป่าถึง 10 ประเภท แปลกตากับต้นโกงกางยักษ์จำลอง  โซนมหัศจรรย์ผึ้งและดอกไม้ เรื่องราวของผึ้งไทย ผ่านสื่อผสม  ชมการ์ตูน “ดนตรีน้ำหวานแห่งชีวิต” ที่จะทำให้เด็กๆ เข้าใจในความสำคัญของผึ้งกับผลผลิตทางการเกษตร ชมห้องจัดแสดงนิทรรศการใหม่  ห้องจัดแสดงที่ 2  เรื่อง “มนุษย์กับพรรณพืช” ที่พร้อมด้วยเทคโนโลยีล้ำสมัย ซึ่งได้มีการจัดแบ่งเป็น 7 โซนด้วยกันได้แก่  โซนต้นไม้สร้างชีวิต  จุดเริ่มต้นของสิ่งมีชีวิต เสมือนอยู่ท่ามกลางป่าธรรมชาติที่เต็มไปด้วยความอุดมสมบูรณ์และการพึ่งพาอาศัยเกื้อกูลกันระหว่างต้นไม้กับสิ่งมีชีวิตโดยเฉพาะมนุษย์ โซนนวัตกรรมจากพรรณไม้ จากยุคหินสู่ปัจจุบัน ค้นหาได้โดยผ่านงานกราฟิก หุ่นจำลอง และการ์ตูนแอนิเมชั่น เรียงตามช่วงเวลาที่มนุษย์ได้นำพืชเหล่านั้นมาใช้ประโยชน์ในภูมิภาค ต่าง ๆ ทั่วโลก โซนเส้นทางแห่งพืชพรรณ  การข้ามถิ่นของพืชที่มีผลต่อวัฒนธรรม วิถีชีวิตของคนในภูมิภาค ตามหาพืชถิ่นดั้งเดิมของเราและการข้ามถิ่นของพืชมีผลต่อวิถีชีวิตของคนไทย โซนวันที่โลกไม่มีต้นไม้ รับชมภาพยนตร์บนจอ Panorama ควบคุมด้วยแสงสีเสียงรอบห้อง  ได้บรรยากาศกระชากอารมณ์ความรู้สึกในสิ่งที่ได้พบเห็น โซนสู่เส้นทางสีเขียว ตามรอยวิถีชีวิตแบบพอเพียงและงานหัตถกรรมที่สามารถนำมาประยุกต์ใช้ในครัวเรือน เพื่อความยั่งยืนของชีวิตและประโยชน์ที่จะกลับมาสู่ตัวเราเอง นำเสนอแนวทางแก้ไขปัญหาภาวะโลกร้อน เพื่อปรับเปลี่ยนพฤติกรรมเล็กๆน้อยๆ ในชีวิตประจำวัน ก็อาจช่วยต่อเวลาให้กับโลกใบนี้ได้  พิพิธภัณฑ์แห่งนี้จึงเป็นสถานที่ให้ทั้งความรู้และความเพลิดเพลินเหมือนได้ท่องเที่ยวในโลกแห่งความหลากหลายทางชีวภาพและพืชพรรณ ผ่านกาลเวลาจากยุคอดีตสู่ปัจจุบัน ด้วยรูปแบบการนำเสนอที่ทันสมัยเหมาะสำหรับทุกคน

พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติ

โครงการเปิดจุดท่องเที่ยวใหม่ในพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติ
โดยพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติได้จัดแสดงและให้บริการความรู้ทางด้านธรรมชาติวิทยา
และความหลากหลายของสิ่งมีชีวิต โดยเฉพาะทางด้านพืชและสิ่งแวดล้อมแก่ผู้เข้าชม
ทั้ง เยาวชน นักเรียน นึกศึกษาและประชาชนทั่วไป ประกอบด้วยห้องแสดงนิทรรศการ
๓ ห้อง ๑๖ โซน ดังนี้

1. จัดแสดงที่ ๑ : ความหลากหลายทางชีวภาพ ประกอบด้วยการจัดแสดง ๕ โซน
2. ห้องจัดแสดงที่ ๒ : มหัศจรรย์พรรณพืชไทย ประกอบด้วยการจัดแสดง ๔ โซน
3. ห้องจัดแสดงที่ ๓ : การใช้ประโยชน์จากพืช ประกอบด้วยการจัดแสดง ๗ โซน

ในปี ๒๕๕๘ องค์การสวนพฤกษศาสตร์ได้เปิดให้บริการห้องจัดแสดงที่ ๒ : มหัศจรรย์พรรณพืชไทย ซึ่งประกอบ
ด้วยการจัดแสดง ๔ โซน คือ 
โซน ๑ แตกต่างอย่างสมดุล เป็นการแสดงให้เห็นว่าพืชและแมลงเป็นสิ่งมีชีวิตที่มีความแตกต่างทั้งสายพันธุ์
ขนาดรูปร่าง แต่สิ่งมีชีวิตทั้งสองได้ถูกธรรมชาติจับคู่ให้มีความผูกันและสร้างสรรค์อย่างสมดุล ทำให้เกิดความ
หลากหลายทางพืชพรรณ 
โซน ๒ เธอเห็นฉันไหม ในระบบนิเวศเดียวกันแต่เมื่อเวลาต่างกันอย่างเช่นกลางวันและกลางคืน จะมองเห็นความแตกต่างของสัตว์และความสามารถในการพลางตัวร่วมค้นหาสัตว์เหล่านี้ได้จากสื่อมัลติมีเดียที่
จำลองสภาพป่าอันเป็นถิ่นอาศัยของสิ่งมีชีวิต โดยการใช้มือผ่านระบบเซ็นเซอร์ พร้อมเสียงร้องของบรรดา
สัตว์เหล่านั้นด้วย 
โซน ๓ สีสันพรรณไม้ ชมลักษณะต่างๆ ของเมล็ด ใบ ดอก ที่มีความหลากหลายและแตกต่างกันอย่างน่า
อัศจรรย์ใจ และพบกับเซลล์พืชในอุโมงค์เซลล์ รวมถึงวีดิทัศน์เรียนรู้การสังเคราะห์แสงของพืช 
โซน ๔ มหัศจรรย์พรรณพืช พืช ถือเป็นสิ่งมีชีวิตที่เปรียบได้ดัง “ผู้ให้” เพราะมีความแตกต่างกันทั้งลักษณะภายนอกและภายในทีทมหัศจรรย์น่าค้นหา ผ่านศิลปะภาพวาด ๓ มิติ ที่มีความสวยงามและน่าสนใจของพืชพรรณที่แปลกตา เสมือนว่าเราเป็นส่วนหนึ่งของภาพวาดนั้นๆ